四、研发费用加计扣除备案和申报管理
（一）享受研发费用加计扣除优惠政策基本流程
享受研发费用加计扣除优惠政策主要有以下关键资料和程序：
1.年度纳税申报前进行优惠备案并准备好留存备查资料；
2.填写并报送《“研发支出”辅助账汇总表》；
3.在年度纳税申报表中填报研发费用加计扣除优惠附表及栏次。
完整流程见上图。
（二）研发费用加计扣除优惠备案的要点
1.自行判断。根据76号公告规定，企业应自行判断其是否符合研发费用加计扣除政策规定的条件。
2.履行备案。研发费用加计扣除实行备案管理，凡享受研发费用加计扣除优惠的，企业应当不迟于年度汇算清缴纳税申报时，向主管税务机关报送《企业所得税优惠事项备案表》和研发项目文件，履行备案手续。按照76号公告规定，研发费用加计扣除优惠不属于定期减免税事项，在费用化项目发生当期或者资本化项目形成无形资产后的摊销期间，应每年履行备案手续；企业同时存在多个享受优惠研发项目的，应当按不同项目分别进行核算，并按项目分别进行备案。
2015年度及以前按照原政策已审核立项的跨期研发项目延续至2016年度及以后的，在享受优惠年度，应每年履行备案手续。
属于跨地区经营汇总纳税企业，其分支机构享受研发费用加计扣除税收优惠。应由二级分支机构按规定向其主管税务机关备案后，总机构汇总所属二级分支机构已备案优惠事项，在年度纳税申报时填写《汇总纳税企业分支机构已备案优惠事项清单》一并报送。
3.留存备查资料。企业对报送的备案资料、留存备查资料的真实性、合法性承担法律责任。企业应按照97号公告，将相关资料留存备查，保存期限为相关研发项目享受优惠结束后10年。
企业应当按照税务机关要求限期提供留存备查资料，以证明其符合税收优惠政策条件。企业不能提供留存备查资料，或者留存备查资料与实际生产经营情况、财务核算、相关技术领域、产业、目录、资格证书等不符，不能证明企业符合税收优惠政策条件的，税务机关将追缴其已享受的减免税，并按照税收征管法规定处理。
（三）享受研发费用加计扣除优惠政策的留存备查资料
根据97号公告，企业应保留下列留存备查资料：
1.自主、委托、合作研究开发项目计划书和企业有权部门关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；
2.自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单；
3.经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同；
4.从事研发活动的人员和用于研发活动的仪器、设备、无形资产的费用分配说明（包括工作使用情况记录）；
5.集中研发项目研发费用决算表、集中研发项目费用分摊明细情况表和实际分享收益比例等资料；
6.“研发支出”辅助账；
7.企业如果已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应作为资料留存备查;
8.省税务机关规定的其他资料。
（四）享受研发费用加计扣除优惠政策但汇算清缴期结束前未备案的处理方法
根据76号公告规定，企业已经享受税收优惠，但在汇缴期间未按照规定备案的，企业发现后应当及时补办备案手续，同时提交《企业所得税优惠事项备案管理目录》列示优惠事项对应的留存备查资料。
企业已经享受税收优惠，但在汇缴期间未按照规定备案的，税务机关发现后，应当责令企业限期备案，同时提交《企业所得税优惠事项备案管理目录》列示
优惠事项对应的留存备查资料。
（五）享受研发费用加计扣除优惠政策汇算清缴时的有关规定
企业年度纳税申报时，根据《研发支出辅助账汇总表》填报《研发项目可加计扣除研发费用情况归集表》，在年度纳税申报时随申报表一并报送主管税务机关。
根据《国家税务总局关于2016年度企业研究开发费用税前加计扣除政策企业所得税纳税申报问题的公告》（国家税务总局公告2017年第12号）规定，对2016年度研发费用加计扣除附表的填报有了新的要求。具体填报时，《研发项目可加计扣除研发费用情况归集表》中的第11行“当期实际加计扣除总额”将自动带入年度纳税申报表附表A107014《研发费用加计扣除优惠明细表》中合计行的第19列“本年研发费用加计扣除额合计”（该表其余数据项无需填写），同时带入上级附表A107010《免税、减计收入及加计扣除优惠明细表》中第22行“开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用加计扣除”。
（六）预缴所得税时不能享受研发费用加计扣除优惠
根据《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）的规定，研发费用税前加计扣除政策属于汇缴享受优惠项目，因此企业实际发生的研发费用，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度汇算清缴纳税申报时，再依照规定享受加计扣除优惠政策。
（七）企业集团集中开发的研发费用分摊需要关注关联申报
企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对集中研发项目按照财税〔2015〕119号文件规定归集的可加计扣除的研发费用，按照权利和义务相一致、费用支出和收益分享相配比的原则，合理确定研发费用的分摊方法，在受益成员企业间进行分摊，由相关成员企业分别计算加计扣除。
企业集团应将集中研发项目的协议或合同、集中研发项目研发费用决算表，集中研发项目费用分摊明细情况表和实际分享收益比例等资料提供给相关成员企业。协议或合同应明确参与各方在该研发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。
根据《国家税务总局关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第42号）的规定，企业集团开发、应用无形资产及确定无形资产所有权归属的整体战略，包括主要研发机构所在地和研发管理活动发生地及其主要功能、风险、资产和人员情况等应在主体文档中披露。
（八）享受研发费用加计扣除的研发项目无需事先通过科技部门鉴定或立项
自2016年1月1日起，企业申报享受研发费用加计扣除优惠，无需事前通过科技部门鉴定。
企业自主研发的项目，需经过企业有权部门审核立项。也就是说，不需经过科技部门和税务部门进行立项备案，只需企业内部有决策权的部门，如董事会等做出决议即可。政府及相关部门支持的重点项目，根据政府部门立项管理的相关要求，需科技部门备案的特殊情况除外，但税务部门对自主研发项目没有登记的硬性要求。
委托研发及合作研发的项目立项则需要科技部门登记。《技术合同认定管理办法》（国科发政字〔2000〕63号）第六条规定：未申请认定登记和未予登记的技术合同，不得享受国家对有关促进科技成果转化规定的税收、信贷和奖励等方面的优惠政策；97号公告规定，委托及合作研发的，需提供经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开发项目的合同留存备查。因此，经科技行政主管部门登记的委托、合作研发项目合同是享受研发费用加计扣除的要件之一。