有了同期资料的分析评估体系后，需要对该体系中的具体分析评估方向进行细化，建立每分步骤的具体审核方案，这里主要包括形式审核中的六个审核方向（见上图），以及实质风险审核中的财务数据分析、功能风险分析、价值创造分析三个审核方向。
第一步，对同期资料进行形式上的合规性审核。主要审核要点是分析企业报送的同期资料，是否符合基本内容要求。根据国家税务总局公告2016年第42号，同期资料在格式上应包括全球组织架构、集团业务情况、无形资产、财务税务状况、企业概况、关联关系描述、关联交易描述、可比性分析、转让定价方法选择等方面。每个部分的描述，应涵盖公告规定的基本内容，例如，对组织结构的描述，就需要对企业各个职能部门的设置情况进行详细说明，包括该部门负责的产品和服务的范围，有的销售运营部门负责对公司整体销售战略的制定、规划，有的具体产品的营销部门负责具体执行这些整体营销战略目标。这这些部门人员的设置和分工都需要进行详细的介绍；再比如，在财务资料部分，要对于企业主要的产品和服务类型的收入、成本和利润情况进行拆分说明。如果同期资料形式上不能按照规定标准进行说明，有重大缺失，那么无论同期资料描述的结论如何，都不是按照要求准备的同期资料，都需要纳税人重新补充完善。
第二步，对同期资料进行实质风险分析。这一步主要包括三个方面，一是对同期资料中的财务数据进行审核分析；二是对企业功能风险情况进行初步分析评估；三是对企业的经营模式和价值链即价值创造方式进行合理性分析评估。
对同期资料中的财务数据进行分析。这一环节是同期资料分析审核的关键步骤。当企业报送的同期资料在形式上符合国家税务总局公告2016年第42号要求后，就需要对其内容进行深入分析，查找是否存在可疑的避税疑点。首先需要分析的内容是近几年财务数据的变化趋势。根据《特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法》（国家税务总局公告2017年第6号）第四条，税务机关实施特别纳税调查，应当重点关注具有以下风险特征的企业：（一）关联交易金额较大或者类型较多；（二）存在长期亏损、微利或者跳跃性盈利；（三）与低税国家（地区）关联方发生关联交易。如果通过分析企业历年财务数据显示出具有以上特征，那么就需要进一步关注。这种财务指标分析是可以通过对比财务数据比较直观地发现问题的。
初步分析评估企业功能风险。这属于同期资料分析评估中具有较大难度的审核内容。简单的说，就是分析中国境内的企业是否存在做着高价值的贡献但是仅获得低价值回报的情况。高价值怎么体现？需要用企业所从事的“工作”的内涵来衡量，举例来说，自主研发相对于受托研发来说是价值更高的工作，营销策划相对于简单的分销货物来说是价值更高的工作，等等。如果企业存在国家税务总局公告2017年第6号第四条中描述的，“利润水平与其所承担的功能风险不相匹配，或者分享的收益与分摊的成本不相配比”的情况，那么就可以判断该企业存在功能风险和所获得回报不匹配的避税疑点。这是把分析对象与其他从事同行业同类型工作的可比企业进行对比得出的结论，因此可以称为“横向利润水平定位分析”。
经营模式和价值链分析。报送同期资料的企业通常是整个价值链条中的某个环节，例如，中国境内的生产企业，就是价值链条中负责生产环节的一环，负责研发、营销的企业可能是价值链中的其他环节。对于跨国集团来说，价值链通常非常长，并且分布在不同国家。例如，苹果手机的研发功能放在美国，把生产、分销功能放在中国等国家。如果放在中国的手机生产、分销功能所获得的利润在整体产业链上处于不合理的低位，或者低于同行业利润水平，那么可以初步判断其整体价值链上分配的利润水平不合理，剥夺了中国应获得的市场利润。如果中国市场对这样的产业链的价值有着突出的贡献，例如中国用户数量众多，市场消费能力庞大，在这种情况下中国市场应根据其价值贡献大小参与更多的产业价值链分配，因此可以把这类价值链对比分析称为“纵向利润水平定位分析”。